现有16个内设部门:办公室(党委办公室)、法规和综合业务处、关税处、卫生检疫处、动植物检疫处、进出口食品安全处、商品检验处、口岸监管处、统计分析处、企业管理和稽查处、缉私局(副厅级)、财务处、科技处、督察内审处、人事处(党委组织部)、教育处。
另设立机关党委(思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室)、监察室(党委纪检组)、离退休干部办公室等3个正处级机构。
石家庄海关政治部。承担干部管理、领导基层党组织建设、开展思想政治工作和文化建设、队伍建设等职责。政治部日常工作由人事处(党委组织部)、机关党委(思想政治工作办公室、党委宣传部、党委巡察工作办公室)等承担。石家庄海关党委向隶属海关共派驻9个纪检组。
石家庄海关下设正处级隶属海关单位19个:石家庄机场海关、鹿泉海关、正定海关、秦皇岛海关、北戴河海关、唐山海关、曹妃甸海关、京唐港海关、廊坊海关、保定海关、雄安海关、沧州海关、黄骅港海关、衡水海关、邢台海关、邯郸海关、张家口海关、承德海关、石家庄风险防控分局。